Wymiana ośrodka akustofluidalnego w celu przygotowania bakterii elektrokompetentnych za pomocą pułapki na ścianie kanału
Adam
- 0
Kompleksowa integracja etapów procesu w zminiaturyzowanej wersji przepływów pracy biologii syntetycznej pozostaje kluczowym zadaniem w automatyzacji projektowania biosystemów. Jednak każdy z tych etapów procesu ma określone wymagania w odniesieniu do warunków środowiskowych, w tym w szczególności składu otaczającego płynu, co sprawia, że integracja jest uciążliwa. Przykładowo transformacja, czyli przeprogramowanie bakterii poprzez dostarczenie egzogennego materiału genetycznego (takiego jak DNA) do cytoplazmy, jest kluczowym procesem w inżynierii molekularnej i ogólnie w nowoczesnej biotechnologii.
- Transformacja odbywa się często poprzez elektroporację, czyli tworzenie porów w membranie za pomocą wstrząsów elektrycznych w środowisku o niskiej przewodności. Jednak przygotowanie komórek do elektroporacji może być kłopotliwe, ponieważ wymaga wymiany pożywki wzrostowej (o wysokiej przewodności) na pożywkę o niskiej przewodności, zazwyczaj przeprowadzanej poprzez wiele czasochłonnych etapów wirowania.
- Aby uprościć i zminiaturyzować ten krok, opracowaliśmy urządzenie akustofluidyczne zdolne do nieinwazyjnego łapania bakterii Escherichia coli w celu późniejszej wymiany pożywki, co stanowi wyzwanie w urządzeniach akustofluidycznych ze względu na szkodliwe efekty akustycznego strumieniowania.
- Dzięki ulepszonemu procesowi wytrawiania byliśmy w stanie wytworzyć cienką ścianę pomiędzy dwoma kanałami mikroprzepływowymi, które po wzbudzeniu mogą generować pola strumieniowe, które uzupełniają siłę promieniowania akustycznego, a zatem mogą być wykorzystywane do wychwytywania bakterii. Nasza nowatorska konstrukcja skutecznie wyłapuje Escherichia coli przy szybkości przepływu 10 μL min -1 i ma wydajność odzyskiwania komórek na poziomie 47 ± 3% po przemyciu uwięzionych komórek.
- Aby zweryfikować, czy wydajność urządzenia do wymiany pożywki jest wystarczająca, przetestowaliśmy elektrokompetencję odzyskanych komórek w standardowej procedurze transformacji i stwierdziliśmy wydajność transformacji 8 × 105 CFU na μg plazmidowego DNA. Nasze urządzenie jest niskonakładową alternatywą dla metod opartych na wirowaniu i otwiera drzwi do miniaturyzacji wielu protokołów mikrobiologicznych i inżynierii molekularnej.
Transformacja ryzosferycznego szczepu Bacillus cereus sensu lato B25 przy użyciu protokołu przygotowania elektrokompetentnych komórek w temperaturze pokojowej .
Transformacja bakteryjna jest kluczowym etapem manipulacji genetycznej bakterii. Jednak bakterie Gram-dodatnie są trudne do transformacji i w związku z tym opracowano wiele różnych metodologii. Tutaj zbadaliśmy wydajność transformacji protokołu elektroporacji, zmieniając trzy główne czynniki: skład buforu do elektroporacji, siłę impulsu elektrycznego i skład ośrodka odzyskiwania. Ogólnie rzecz biorąc, wydajność transformacji została zwiększona, gdy przygotowaliśmy elektrokompetentne ogniwa w temperaturze pokojowej zamiast w lodowatej temperaturze. Wykazano, że protokół wyszczególniony w tej pracy ma zastosowanie do innego szczepu B. cereus i dwóch innych gatunków Bacillus,
Elektrokompetentne komórki bakteryjne w temperaturze pokojowej poprawiają wydajność transformacji DNA i rekombinacji.
Bakterie kompetentne komórki są niezbędne do klonowania, budowy bibliotek DNA i mutagenezy w każdym laboratorium biologii molekularnej. Spośród różnych metod transformacji, elektroporacja ma najlepszą wydajność transformacji. Dotychczasowe metody elektroporacji polegały na płukaniu i elektroporacji komórek bakteryjnych w lodowatych warunkach, które czynią je kruche i podatne na śmierć. Tutaj przedstawiamy proste metody oparte na zmianie temperatury, które poprawiają wydajność transformacji DNA i rekombinacji w E. coli i kilku innych bakteriach Gram-ujemnych, dzięki czemu oszczędzają czas i koszty. Zwiększona wydajność transformacji dużych cząsteczek DNA jest istotną zaletą, która może ułatwić klonowanie dużych fragmentów z preparatów genomowego DNA i próbek metagenomicznych.

Szybki protokół przygotowania elektrokompetentnych Escherichia coli i Vibrio cholerae
Elektroporacja stała się szeroko stosowaną metodą szybkiego i wydajnego wprowadzania obcego DNA do szerokiego zakresu komórek. Elektrotransformacja stała się preferowaną metodą wprowadzania DNA do prokariotów, które nie są naturalnie kompetentne. Elektroporacja jest szybką, wydajną i usprawnioną metodą transformacji, która oprócz oczyszczonego DNA i kompetentnych bakterii wymaga dostępnych na rynku kontrolerów pulsu genów i kuwet.
W przeciwieństwie do etapu pulsacyjnego, przygotowanie elektrokompetentnych komórek jest czasochłonne i pracochłonne, polegające na wielokrotnym wirowaniu i płukaniu w malejących objętościach sterylnej, zimnej wody lub niejonowych buforów dużych objętości kultur hodowanych do fazy średniologarytmicznej wzrost . Czas i wysiłek można zaoszczędzić, kupując elektrokompetentne komórki ze źródeł komercyjnych, ale selekcja jest ograniczona do powszechnie stosowanych szczepów laboratoryjnych E. coli.
Niniejszym rozpowszechniamy szybką i wydajną metodę przygotowania elektrokompetentnej E. coli, która jest używana od pewnego czasu w laboratoriach bakteriologicznych, i może być przystosowana do V. cholerae i innych prokariotów. Chociaż nie możemy ustalić, komu należy przypisać rozwój oryginalnej techniki, niniejszym udostępniamy ją społeczności naukowej.
Przygotowanie wysoce wydajnej elektrokompetentnej Escherichia coli przy użyciu wirowania stopniowego z gęstością glicerolu/mannitolu
Tradycyjne protokoły przygotowania Escherichia coli do elektroporacji są pracochłonne i często zapewniają bardzo zmienną wydajność transformacji. Wiele laboratoriów ucieka się do zakupu drogich, komercyjnie przygotowanych ogniw. W tym artykule opisano prostą metodę wytwarzania elektrokompetentnych bakterii E. coli przez odwirowanie bakterii przez poduszkę z glicerolem/mannitolem. Metoda jest szybka i zastępuje żmudne wieloetapowe procedury dwoma 15-minutowymi wirowaniami. Standardowe szczepy klonujące konsekwentnie wytwarzają ponad 8×10(9)transformantów/μg pUC18, podczas gdy szczepy TG1 i LE392 wykazują wydajność większą niż 3×10(10)/μg DNA.
10-minutowa metoda przygotowania wysoko elektrokompetentnych komórek Pseudomonas aeruginosa: zastosowanie transferu fragmentów DNA między chromosomami i transformacja plazmidu.
Opisano szybką metodę opartą na mikrowirówce do przygotowania elektrokompetentnych komórek Pseudomonas aeruginosa o wydajności transformacji nawet 10 000 razy większej w porównaniu z istniejącymi procedurami. Ta zwiększona wydajność umożliwia teraz wykorzystanie transformacji do wszystkich zastosowań wymagających transferu DNA. Obejmują one transfer mutacji chromosomalnych oznaczonych genami oporności na antybiotyki między szczepami P. aeruginosa, co rozwiązuje zagadkę braku wydajnej i niezawodnej procedury transdukcji tej bakterii.
Nic dziwnego, że sposób pozwala również na bardzo wydajną transformację plazmidami replikacyjnymi, z wydajnościami transformacji w zakresie od 10(7) do >10(11) transformantów na mikrogram DNA. Wreszcie, z wydajnością do >10(3) transformantów na mikrogram DNA, metoda ta w większości przypadków zastępuje koniugację w przenoszeniu niereplikatywnych plazmidów stosowanych w doświadczeniach z zastępowaniem genów, specyficzną integracją genów i mutagenezą transpozonów.
Uproszczona i wydajna metoda elektroporacji Agrobacterium tumefaciens.
Agrobacterium tumefaciens jest szeroko stosowanym narzędziem drobnoustrojów w biologii molekularnej roślin do przenoszenia DNA do komórek roślinnych i wytwarzania np. stabilnych lub przejściowych transformantów lub indukowania wyciszania genów. W naszym badaniu przedstawiamy uproszczoną wersję elektrokompetentnego przygotowania komórek, która jest nie tylko efektywna czasowo i kosztowo, ale wymaga minimalnej manipulacji komórkami bakteryjnymi. Do przygotowania kompetentnych komórek Agrobacterium zwykle stosuje się kultury płynne. Aby przezwyciężyć trudności związane z pracą z kulturami płynnymi, proponujemy zawieszenie komórek bakteryjnych bezpośrednio z hodowli na płytkach agarowych na noc.
AGL1 Electrocompetent Agrobacterium - 6x50µl |
|||
1283-12 | Intact Genomics | 6/PK | 403.2 EUR |
AGL1 Electrocompetent Agrobacterium - 18x50µl |
|||
1283-36 | Intact Genomics | 18/PK | 802.8 EUR |
GV3101 Electrocompetent Agrobacterium - 6x50µl |
|||
1282-12 | Intact Genomics | 6/PK | 403.2 EUR |
EHA105 ElectroCompetent Agrobacterium- 6x50µl |
|||
1284-12 | Intact Genomics | 6/PK | 403.2 EUR |
GV3101 Electrocompetent Agrobacterium - 18x50µl |
|||
1282-36 | Intact Genomics | 18/PK | 802.8 EUR |
EHA105 ElectroCompetent Agrobacterium- 18x50µl |
|||
1284-36 | Intact Genomics | 18/PK | 802.8 EUR |
LBA4404 ElectroCompetent Agrobacterium - 6x50µl |
|||
1285-12 | Intact Genomics | 6/PK | 381.6 EUR |
LBA4404 ElectroCompetent Agrobacterium- 18x50µl |
|||
1285-36 | Intact Genomics | 18/PK | 802.8 EUR |
AGL1 Agrobacterium Strain |
|||
STR3006 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
AGL1 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0073 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
BL21(DE3) Electrocompetent Cells - 12x50µl |
|||
1252-24 | Intact Genomics | 12/PK | 360 EUR |
BL21(DE3) Electrocompetent Cells - 12x100µl |
|||
1254-48 | Intact Genomics | 12/PK | 559.2 EUR |
DH10B Electrocompetent Cells (ig10B) - 6x50µl |
|||
1212-12 | Intact Genomics | 6/PK | 210 EUR |
ig 5-alpha Electrocompetent Cells - 6x50µl |
|||
1232-12 | Intact Genomics | 6/PK | 196.8 EUR |
DH10B Electrocompetent Cells (ig10B) - 12x50µl |
|||
1212-24 | Intact Genomics | 12/PK | 346.8 EUR |
DH10B Electrocompetent Cells (ig10B) - 6x100µl |
|||
1214-24 | Intact Genomics | 6/PK | 297.6 EUR |
igMax DH10B ElectroCompetent Cells - 6x100µl |
|||
1284-24 | Intact Genomics | 6/PK | 428.4 EUR |
ig 5-alpha Electrocompetent Cells - 12x50µl |
|||
1232-24 | Intact Genomics | 12/PK | 309.6 EUR |
ig 5-alpha Electrocompetent Cells - 6x100µl |
|||
1234-24 | Intact Genomics | 6/PK | 272.4 EUR |
DH10B Electrocompetent Cells (ig10B) - 12x100µl |
|||
1214-48 | Intact Genomics | 12/PK | 484.8 EUR |
ig 5-alpha Electrocompetent Cells - 12x100µl |
|||
1234-48 | Intact Genomics | 12/PK | 459.6 EUR |
TG1 Phage Display Electrocompetent Cells - 6x50µl |
|||
1264-48 | Intact Genomics | 6/PK | 596.4 EUR |
TG1 Phage Display Electrocompetent Cells - 6x100µl |
|||
1264-24 | Intact Genomics | 6/PK | 360 EUR |
SS320 Phage Display Electrocompetent Cells - 12x50µl |
|||
1272-24 | Intact Genomics | 12/PK | 397.2 EUR |
SS320 Phage Display Electrocompetent Cells - 12x100µl |
|||
1274-48 | Intact Genomics | 12/PK | 596.4 EUR |
A4 Agrobacterium Strain |
|||
STR3001 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
C58 Agrobacterium Strain |
|||
STR3108 | Lifescience Market | 100 ul | 394.8 EUR |
R1000 Agrobacterium Strain |
|||
STR0004 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
EHA105 Agrobacterium Strain |
|||
STR3004 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
GV3101 Agrobacterium Strain |
|||
STR3005 | Lifescience Market | 100 ul | 494.4 EUR |
GV2260 Agrobacterium Strain |
|||
STR3008 | Lifescience Market | 100 ul | 406.8 EUR |
EHA101 Agrobacterium Strain |
|||
STR3010 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
LBA9402 Agrobacterium Strain |
|||
STR3002 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
LBA4404 Agrobacterium Strain |
|||
STR3007 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
ATCC15834 Agrobacterium Strain |
|||
STR3003 | Lifescience Market | 100 ul | 406.8 EUR |
P3301/ LBA4404 Agrobacterium Strain |
|||
STR3009 | Lifescience Market | 100 ul | 864 EUR |
A4 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0068 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
R1000 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0107 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
C58C1 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0108 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
GV3101 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0072 | Lifescience Market | 100 ul | 494.4 EUR |
GV2260 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0101 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
EHA101 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0104 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
EHA105 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0071 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
LBA9402 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0069 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
LBA4404 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0074 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
ATCC15834 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0070 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
pSoup/ GV3101 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0121 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
pSoup/ EHA105 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0126 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
virD2 protein (Agrobacterium tumefaciens) (His tag) |
|||
80R-3437 | Fitzgerald | 50 ug | 308.4 EUR |
p3301/ LBA4404 Agrobacterium tumefaciens Strains |
|||
S0102 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
Agrobacterium tumefaciens Single-strand DNA-binding protein (virE2) |
|||
1-CSB-EP357288AYS | Cusabio |
|
|
Agrobacterium tumefaciens Single-strand DNA-binding protein (virE2) |
|||
1-CSB-YP357288AYS | Cusabio |
|
|
Agrobacterium sp.3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA) |
|||
1-CSB-YP870830ALAE | Cusabio |
|
|
Agrobacterium sp. 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA) |
|||
1-CSB-EP870830ALAE | Cusabio |
|
|
Agrobacterium sp. 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA) |
|||
1-CSB-MP870830ALAE | Cusabio |
|
|
SLS Electrode Stand for 4 Electrodes |
|||
PHM4045 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 167.12 EUR |
electrolyte galv.o2/pb electr., 125ml |
|||
B151 | Consort | ea | 57.6 EUR |
electrolyte for gal.o2/zn electr., 500ml |
|||
B550 | Consort | ea | 57.6 EUR |
Hach 5010T pH electrode Gel With Temperature Electrode |
|||
WAT4594 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 380.4 EUR |
Electrode Filling Sol Dissolved Oxygen Electrolyte |
|||
EFSDO | Scientific Laboratory Supplies | 100ML | 36 EUR |
FDO 925 electrode |
|||
PHM1248 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1182.87 EUR |
LR 925/01 electrode |
|||
PHM1250 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 929.59 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP11X | Consort | ea | 148.8 EUR |
ph electrode, s8 |
|||
SP11Y | Consort | ea | 151.2 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP21X | Consort | ea | 148.8 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP22X | Consort | ea | 152.4 EUR |
ph electrode, s8 |
|||
SP22Y | Consort | ea | 165.6 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP24X | Consort | ea | 174 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP26X | Consort | ea | 178.8 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP27X | Consort | ea | 130.8 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP28X | Consort | ea | 168 EUR |
ph electrode, s7 |
|||
SP29X | Consort | ea | 150 EUR |
Hach 5014T pH electrode Universal Glass With Temperature Electrode |
|||
WAT4600 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 514.8 EUR |
orp electrode, s7 |
|||
SO50X | Consort | ea | 142.8 EUR |
orp electrode, s8 |
|||
SO50Y | Consort | ea | 147.6 EUR |
orp electrode, s7 |
|||
SO60X | Consort | ea | 164.4 EUR |
orp electrode, s8 |
|||
SO61Y | Consort | ea | 165.6 EUR |
ph electrode, bnc |
|||
SP22B | Consort | ea | 152.4 EUR |
ph electrode, bnc |
|||
SP32B | Consort | ea | 246 EUR |
Electrode Pt 1000 DIN 120 mm |
|||
TIT3129 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 463.49 EUR |
membranes+electrolyte for o2/pb electr |
|||
SZ02K | Consort | ea | 165.6 EUR |
TRIS Electrode |
|||
924030 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 249.37 EUR |
Electrode pH Food |
|||
FC100B | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 231.6 EUR |
Meat pH electrode |
|||
PHE0208 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 362.4 EUR |
Wine pH Electrode |
|||
PHE3026 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 380.4 EUR |
Electrode PT 50cm |
|||
ELE8026 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 148.2 EUR |
lead electrode |
|||
ISE30B | Consort | ea | 392.4 EUR |
gold electrode, s7 |
|||
SO70X | Consort | ea | 174 EUR |
ph electrode, l=110mm, s8 |
|||
SP91Y | Consort | ea | 283.2 EUR |
ph electrode, l=120mm, s8 |
|||
SP92Y | Consort | ea | 283.2 EUR |
ph electrode, l=130mm, s8 |
|||
SP93Y | Consort | ea | 283.2 EUR |
ph electrode, l=160mm, s8 |
|||
SP94Y | Consort | ea | 283.2 EUR |
ph electrode, l=210mm, s8 |
|||
SP95Y | Consort | ea | 283.2 EUR |
ph electrode, l=260mm, s8 |
|||
SP96Y | Consort | ea | 321.6 EUR |
ph electrode, l=310mm, s8 |
|||
SP97Y | Consort | ea | 321.6 EUR |
ph electrode, l=360mm, s8 |
|||
SP98Y | Consort | ea | 321.6 EUR |
ph electrode, l=420mm, s8 |
|||
SP99Y | Consort | ea | 422.4 EUR |
SenTix 940 electrode |
|||
PHM1244 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 329.01 EUR |
SenTix 940 -3 electrode |
|||
PHM1245 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 352.51 EUR |
SenTix 950 electrode |
|||
PHM1246 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 365.57 EUR |
×
Ponadto zoptymalizowaliśmy kilka parametrów, aby uprościć procedurę i zmaksymalizować liczbę transformantów (np. szczepy Agrobacterium, liczbę etapów płukania, ilość wymaganego plazmidowego DNA, parametry elektroporacji, rodzaj podłoża do inkubacji lub czas inkubacji). Ten zoptymalizowany, prosty i szybki protokół okazał się wystarczająco wydajny, aby uzyskać transformowane kolonie z małymi ilościami (zaledwie 1 ng) plazmidowego DNA. Ponadto umożliwiło nam to również wprowadzenie zligowanych plazmidów bezpośrednio do Agrobacterium z pominięciem etapu transformacji E. coli i dalsze przyspieszenie procedury klonowania.
Tagi: cortisol elisa kit elisa assay kit elisa kit abcam elisa kit box elisa kit price elisa kit protocol elisa kit r&d elisa kit thermofisher elisa kits distributor elisa kits distributor list elisa kits manufacturer elisa kitとは elisa test kits hmgb1 elisa kit il-6 elisa kit lassa fever igg elisa kit mybiosource elisa kit quantikine elisa kit